1.1.1.1/20/A/046

„Tuberkulozes pilna genoma sekvenēšana lietošanai Latvijas klīnikā: dizains un koncepta izvērtēšana”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 4. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/20/A/046

Projekta izpildes termiņš: 2021. gada 1. janvāris – 2023. gada 30. novembris

Projekta kopējais finansējums: 540 540.54 EUR

Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Renāte Ranka

Sadarbības partneris: SIA “GenEra”

Projekta kopsavilkums:

Projekta mērķis ir izveidot un izvērtēt konceptu M. tuberculosis pilna genoma sekvenēšanas iekļaušanai klīniskā praksē Latvijā.

Tuberkuloze joprojām ir viena no postošākajām slimībām, kas skar visa vecuma cilvēkus visā pasaulē. Šī slimība ieņem vienu no top 10 nāves iemesliem pasaulē un raksturojas ar lielu ekonomisku nozīmi. M. tuberculosis zāļu rezistento celmu prevalence un izplatīšanos ir viens no galveniem iemesliem kas apgrūtina slimības apkarošanu. Pacientus, kas ir inficēti ar zāļu rezistentām mikobaktērijām, ir grūti vai pat neiespējami izārstēt, un viņiem nepieciešamā terapija ir toksiskāka un dārgāka. Latvijā daudzzāļu rezistentā tuberkuloze ir nopietna sabiedrības veselības problēma: 2017. gadā gandrīz 8% no visiem tuberkulozes saslimšanas gadījumiem izraisīja zāļu rezistentie M. tuberculosis celmi.   

M. tuberculosis laikietilpīga un darbietilpīga diagnostika rada novēlotās ārstēšanas risku. Pilna genoma sekvenēšana (whole genome sequencing, WGS) piedāvā mūsdienīgu un ātru diagnostikas risinājumu, un tiek virzīta no zinātniskām laboratorijām uz ikdienas pielietojumu klīnikās.

Informācija publicēta 04.01.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts

Pārskata periodā ir veikta M. tuberculosis izolātu DNS paraugu, kas ir ievākti iepriekšējos pētījumos, sistematizācija, kas iekļāva fenotipisko datu pieejamības pārbaudi un DNS daudzuma/tīrības pakāpes novērtēšanu. Ir veikta pirmās paraugkopas atlase, kas iekļāva multirezistentos M. tuberculosis celmus. Ir veikta DNS papildus attīrīšana paraugiem, kuriem DNS kvalitāte bija zema. Ir uzsākta M. tuberculosis bagātināšanas protokolu izstrāde. Ir veikta pieejamo M. tuberculosis rezistences mutāciju datubāžu izvērtēšana.

Informācija publicēta 31.03.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs

Pārskata periodā ir veikta atsevišķas M. tuberculosis izolātu DNS paraugkopas, kas ir ievākta iepriekšējos pētījumos, pilna genoma sekvencēšana un datu analīze. Ir turpināta M. tuberculosis bagātināšanas protokolu izstrāde un pieejamo M. tuberculosis rezistences mutāciju datubāžu izvērtēšana. Ir publicētas tēzes Eiropas Mikobakteriologu Biedrības 41. kongresa ietvaros: Sadovska et al.,“WGS-based recurrent tuberculosis cause determination for patients involved in local outbreaks in Latvia”.

Informācija publicēta 30.06.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris

Pārskata periodā ir turpināta atsevišķu M. tuberculosis izolātu DNS paraugkopu, kas ir ievāktas iepriekšējos pētījumos, pilna genoma sekvencēšana un datu analīze. Ir veikta atsevišķu bioinformātikas darbplūsmu pielāgošana un pilnveidošana. Ir turpināta M. tuberculosis bagātināšanas protokolu izstrāde. Ir uzsākta konstatēto M. tuberculosis rezistences mutāciju novērtēšana attiecībā pret fenotipiskiem datiem.

Informācija publicēta 30.09.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris

Pārskata periodā galvenokārt ir turpināta vairāku M. tuberculosis izolātu DNS paraugkopu pilna genoma sekvencēšana un datu analīze. Ir konstatētas izteiktas DNS daudzuma un kvalitātes atšķirības, kas ir saistītas ar dažādu DNS izdališanas metožu pielietošanu M. tuberculosis izolātiem no cietajam un škidrajām barotnēm. Līdz ar to ir uzsākta DNS attīrīšanas un koncentrēšanas protokolu pielāgošana WGS vajadzībām.

Informācija publicēta 30.12.2021.

Projekta progress:

2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts

Pārskata periodā ir turpināta vairāku M. tuberculosis izolātu DNS paraugkopu, kas ir ievāktas iepriekšējos pētījumos, pilna genoma sekvencēšana un datu analīze. Ir novērtēti M. tuberculosis DNS paraugi, kas iegūti slimnīcas laboratorijā pielietojot dažādas DNS izdalīšanas metodes. Ņemot vērā to, ka atsevišķos paraugos ir konstatēta ļoti zema M. tuberculosis DNS koncentrācija, kas ļoti apgrūtina NGS/WGS tehnoloģiju pielietošanu, ir turpināta darbplūsmu pielāgošana un pilnveidošana. Par projekta mērķi, uzdevumiem un norisi ir ziņots Latvijas Tuberkulozes un plaušu slimību ārstu asociācijas sēdē, kas notika 2022. g. 23. martā.

Informācija publicēta 31.03.2022.

Projekta progress:

gada 1. aprīlis – 2022. gada 30. jūnijs
Pārskata periodā ir veikta vairāku M. tuberculosis izolātu DNS paraugkopu pilna genoma sekvencēšanas datu apkopošana. Ir veikta uz doto brīdi esošo sekvencēšanas rezultātu izvērtēšana un padziļināta analīze. Īpaša uzmanība tika pievērsta pielietoto bioinformātisko metožu un datu nozīmīguma izvērtēšanai M. tuberculosis rezistences identificēšanai, kā arī epidemioloģisko saišu izsekošanai. Ir uzsākts darbs zinātniskās publikācijas sagatavošanai. Saistībā ar projekta tēmu aizstāvēts pētnieciskais darbs.

Informācija publicēta 30.06.2022.

Projekta progress:

gada 1. jūlijs – 2022. gada 30. septembris
Šajā periodā ir turpināta pašreizējo sekvencēšanas rezultātu izvērtēšana un padziļināta analīze. Pamatojoties uz iegūtajiem rezultātiem, tika sagatavots un iesniegts zinātniskajā žurnālā manuskripts. Tika sagatavotas arī divas konferences tēzes. Projekta rezultāti tika prezentēti 46. FEBS kongresā “The Biochemistry Global Summit”. Uzsākta papildu M. tuberculosis izolātu paraugu komplektu pilnīga genoma sekvencēšana. Uzsākts darbs projekta otrajā aktivitātē – protokola izstrāde.

Informācija publicēta 30.09.2022.