1.1.1.1/20/A/046

„Tuberkulozes pilna genoma sekvenēšana lietošanai Latvijas klīnikā: dizains un koncepta izvērtēšana”

Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 4. kārtas ietvaros.

Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/20/A/046

Projekta izpildes termiņš: 2021. gada 1. janvāris – 2023. gada 30. novembris

Projekta kopējais finansējums: 540 540.54 EUR

Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Renāte Ranka

Sadarbības partneris: SIA “GenEra”

Projekta kopsavilkums:

Projekta mērķis ir izveidot un izvērtēt konceptu M. tuberculosis pilna genoma sekvenēšanas iekļaušanai klīniskā praksē Latvijā.

Tuberkuloze joprojām ir viena no postošākajām slimībām, kas skar visa vecuma cilvēkus visā pasaulē. Šī slimība ieņem vienu no top 10 nāves iemesliem pasaulē un raksturojas ar lielu ekonomisku nozīmi. M. tuberculosis zāļu rezistento celmu prevalence un izplatīšanos ir viens no galveniem iemesliem kas apgrūtina slimības apkarošanu. Pacientus, kas ir inficēti ar zāļu rezistentām mikobaktērijām, ir grūti vai pat neiespējami izārstēt, un viņiem nepieciešamā terapija ir toksiskāka un dārgāka. Latvijā daudzzāļu rezistentā tuberkuloze ir nopietna sabiedrības veselības problēma: 2017. gadā gandrīz 8% no visiem tuberkulozes saslimšanas gadījumiem izraisīja zāļu rezistentie M. tuberculosis celmi.   

M. tuberculosis laikietilpīga un darbietilpīga diagnostika rada novēlotās ārstēšanas risku. Pilna genoma sekvenēšana (whole genome sequencing, WGS) piedāvā mūsdienīgu un ātru diagnostikas risinājumu, un tiek virzīta no zinātniskām laboratorijām uz ikdienas pielietojumu klīnikās.

Informācija publicēta 04.01.2021.

Projekta progress:

2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts

Pārskata periodā ir veikta M. tuberculosis izolātu DNS paraugu, kas ir ievākti iepriekšējos pētījumos, sistematizācija, kas iekļāva fenotipisko datu pieejamības pārbaudi un DNS daudzuma/tīrības pakāpes novērtēšanu. Ir veikta pirmās paraugkopas atlase, kas iekļāva multirezistentos M. tuberculosis celmus. Ir veikta DNS papildus attīrīšana paraugiem, kuriem DNS kvalitāte bija zema. Ir uzsākta M. tuberculosis bagātināšanas protokolu izstrāde. Ir veikta pieejamo M. tuberculosis rezistences mutāciju datubāžu izvērtēšana.

Informācija publicēta 31.03.2021.