PCR testi un citi COVID-19 testēšanas veidi

Esam izveidojuši informatīvu rakstu, kurā pastāstām, kas vispār ir PCR jeb PĶR (polimerāzes ķēdes reakcijas) testi, kurus izmanto arī Covid-19 testēšanā, kā arī kādas vēl ir testēšanas iespējas un ar ko tās atšķiras.

Tā kā šobrīd sabiedrībā valda neskaidrības un manāmi vairāki maldīgi uzskati par COVID-19 diagnostiskajiem PCR testiem, vēlējāmies ikvienam saprotamā valodā izskaidrot, kas tie tādi ir, un kā tad īsti notiek vīrusa klātbūtnes noteikšana pacienta organismā. SIA GenEra neveic Covid-19 testēšanu, taču darbs ar PCR testiem ir mūsu ikdiena (piemēram, Trombofīlijas tests vai laktozes intolerances DNS tests). 

Jaunā koronavīrusa izraisītā COVID-19 slimības diagnosticēšana balstās uz vairākām metodēm. Viens ir klīniskās pazīmes, proti, klepus, drudzis, ožas zudums un aizdusa. Arī krūškurvja datortomogrāfiskā pārbaude ir efektīvs veids, kā diagnosticēt Covid-19 gadījumus. Trešā metode ir diagnostiskie laboratoriskie testi. Arī testēšanas iespējas ir vairākas. Šobrīd pārsvarā tiek izmantoti gan PĶR jeb PCR testi, gan antivielu noteikšanas testi.

Polimerāzes ķēdes reakcija jeb PĶR

No angļu valodas tulkota testa nosaukuma abreviatūra ir PĶR, oriģināli - PCR (Polymerase chain reaction). Tā ir plaši izmantota metode, lai strauji radītu miljoniem DNS vai RNS kopiju. Tas ļauj pētniekiem paņemt tikai nelielu daļu no parauga un pavairot to tādā daudzumā, lai detalizēti izpētītu. To varētu salīdzināt ar tehnoloģiju, kas varētu atrast adatu siena kaudzē, un pēc tam saražot miljoniem identisku adatu kopijas.

PCR metodi izmanto, lai atklātu vīrusa klātbūtni organismā. Tas var būt organismā gan pirms antivielu veidošanās, gan arī pirms slimības simptomu parādīšanās, līdz ar to ar testu palīdzību var jau agrīni noteikt vīrusa klātbūtni. Katra vīrusa noteikšana paredzētais PCR tests spēj atrast tikai konkrētā vīrusa RNS (vai DNS), jo tas ir veidots specifisks noteiktajam vīrusam vai baktērijai. Nekādus citus vīrusus testa laikā nebūs iespējams atrast (ja vien tie nav zinātniskie nespecifiskie PCR reakcijas testi), un, lai izslēgtu to, ka tests varētu atrast kaut ko, kas paraugā nav, papildu vienmēr klāt tiek liktas visādas negatīvās un pozitīvās kontroles. 

Lai veiktu PCR testēšanu, nepieciešami vairāki soļi un dažādi komponenti un reaģenti – DNS polimerāze, DNS praimeri, dNTPs, baferi (speciāli šķīdumi) un makroelementi (piemēram, magnijs, mangāns vai kālijs) un, protams, šablona DNS vai RNS, jeb pats paraugs. Minētos reaģentus un paraugu sajauc kopā noteiktās proporcijās un tad var sākt DNS vai RNS molekulu pavairošanu, ņemot par paraugu (šablonu) to DNS vai RNS, kas atrodas paraugā. Procedūru īsumā var aprakstīt kā aptuveni 20 - 40 atkārtotu temperatūras maiņu sesijas, ko sauc par termālajiem cikliem. To temperatūra var būt lielāka par 90°C grādiem, taču konkrētais temperatūras augstums un termālo ciklu skaits atkarīgs no lietotajiem reaģentiem un nepieciešamās testa jutības.

SARS-CoV-2 testēšana - PCR testi

Covid-19 diagnostiskie testi nosaka vīrusa ģenētiskās informācijas klātbūtni paraugā – RNS jeb ribonukleīnskābi. Vīrusa klātbūtni organismā varēs atrast tikai tad, ja tas tur konkrētajā brīdī atrodas, proti, ja persona ir inficēta. Ar testu var detektēt gan dzīvas, gan mirušas vīrusa daļiņas. Ja runa ir par nedzīvo vīrusu, tad tas organismā atradīsies vēl maksimums 2-3 dienas, kopš vīruss vairs nav aktīvs. RNS sadalās ļoti ātri, jo mūsu organisms ir veidots tā, lai to iznīcinātu cik ātri vien iespējams.

Testēšanas slēdzienā tiek norādīts, ir vai nav atrasts vīrusa ģenētiskais materiāls paraugā. Klīst runas, ka tad, ja PCR tests ir pozitīvs, tas vēl nenozīmē, ka cilvēks ir infekciozs pārējiem. Jā, tā var būt, jo tests neuzrāda, vai personai ir vai nav iespēja aplipināt citus. Taču šobrīd vēl trūkst zinātniskās informācijas par to, kāpēc vieni saslimst, bet citi nē (vieniem ir simptomi, bet citiem nē). Tāpēc jāizvēlas drošākais veids, kā pasargāt sabiedrību, pozitīvajai personai atrodoties pašizolācijā. Pētījumi notiek visu laiku, un pēc jaunākajiem zinātniskajiem atzinumiem persona var atgriezties ikdienas dzīvē, ja 3 dienas nav bijuši simptiomi (ne mazāk kā 14 dienas), savukārt tie, kam simptomu nav, bet ir testēti kā pozitīvi, ar ārsta atzinumu var pārtraukt izolāciju pēc 10 dienām.

Ja personai šķiet, ka ir jau izveseļojusies, bet tests uzrāda PCR pozitīvu rezultātu, tas var būt tajos gadījumos, kad dzīvo vīrusu daudzums ir samazinājies līdz minimumam, kad simptomu vairs nav, tomēr neliela daļa dzīvo vīrusu organismā vēl ir. Pāris dienas vēlāk tests jau būs negatīvs, jo organisms būs uzveicis cīņu ar visiem vīrusiem.

Dažādas laboratorijas testēšanai lieto atšķirīgus PCR reakcijas ciklu skaitus, tādēļ arī dažādām laboratorijām PCR testa jutība atšķiras. Jo vairāk ciklu, jo tests ir jutīgāks un spēj atklāt arvien mazāku Covid-19 vīrusa ģenētiskā materiāla daudzumu paraugā. Līdz ar to pastāv lielāka iespēja uz tā saukto viltus pozitīvu testu, jo, vīruss ir atrasts, bet persona jūtas praktiski vesela. Šobrīd vēl nav zināms, pie kādas vīrusa koncentrācijas cilvēkam parādās simptomi vai arī kad viņš kļūst infekciozs, kas skaidro arī to, ka fiziski vesels cilvēks var tikt uzskatīts par inficējušos, jo vīrusa klātbūtne organismā ir konstatēta. Tāpat nav arī vēl zināms, vai vīrusa koncentrācija indivīdiem pie simptomu sākšanās var būt atšķirīga, jo jāņem vērā arī katra organisma imunitāte, esošās saslimšanas, kā arī vides ietekmējošie faktori.

Covid-19 testēšana - antivielu testi

Vēl viens testēšanas veids, ko izmanto Covid-19 testēšanā, ir antivielu testi. Šajos gadījumos asinīs tiek meklētas antivielas, ko organisms izstrādā, lai cīnītos ar specifisko vīrusu.

Tā kā var paiet vairākas dienas vai pat nedēļas pēc inficēšanās sākuma, līdz organismā izveidojas antivielas, ar šo testu var pārbaudīt, vai persona iepriekš ir bijusi inficēta ar Covid-19 vīrusu. Tāpēc antivielu testus nevar izmantot, lai diagnosticētu jeb atkātu saslimšanu. Lielākajā daļā gadījumu pašreizējā vīrusa klātbūtne organismā vairs netiks atrasta.

Bet šādus testus var izmantot, piemēram, lai noteiktu, cik liela sabiedrības daļa ir slimojuši ar vīrusu un kuriem vajadzētu būt imūniem pret to. Ja pietiekami lielai daļai populācijas ir imunitāte pret vīrusu, tā izplatība var samazināties vai pat apstāties. To sauc par kolektīvo imunitāti. Kamēr inficētajai personai apkārt būs tie, kuriem organismā ir antivielas, vīruss tālāk neizplatīsies, jo, pat ja cilvēks iegūs vīrusa daļiņas, organisms to uzreiz atpazīs un spēs nogalināt, pirms tas ir savairojies. Tomēr Covid-19 kontekstā šobrīd vēl nav precīzi zināms, vai vienmēr antivielu klātbūtne asinīs var pasargāt personu no atkārtotas saslimšanas, kā arī, ja pasargā, cik ilgi šis efekts var saglabāties.

Nobeigumā jāpiebilst, ka jebkurā gadījumā, ja Covid-19 diagnostiskais PCR tests ir pozitīvs, personai jāpaliek mājās, lai pasargātu apkārtējos, pat ja nav saslimšanas simptomu. Tāpat arī tad, ja saslimšanas simptomi ir, bet tests ir, piemēram, vēl negatīvs, vajadzētu ieturēt piesardzību un testu veikt atkārtoti, jo, kaut gan ļoti retos gadījumos, pastāv iespēja, ka tehniski kaut kas noiet greizi, vai arī vīruss ir mutējies un tā dēļ pielietotie reaģenti to “nespēj atpazīt un savairot”. Lai vai kā, jebkura vīrusa saslimšana jāārstē, ļaujot organismam atpūsties un uzveikt vīrusu.